Historia Collegium Medicum UMK sięga 1984 roku, w którym na bazie Zamiejscowego Wydziału Lekarskiego Gdańskiej AM utworzono Akademię Medyczną im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy. Dwadzieścia lat później, 24 listopada 2004 roku, bydgoska Akademia Medyczna połączyła swe siły z Uniwersytetem Mikołaja Kopernika w Toruniu. Na mocy ustawy z dnia 8 października 2004 roku powstało Collegium Medicum UMK.